Ботанический сад Челябинского государственного университета создаётся с 1999 года (Решение Ученого совета №11 от 29.06.1999). В этом же году открыта одна штатная единица – директор. Первый директор Ботанического сада – Л.И. Спиридонов.
В сентябре 2000 г. на факультете экологии была создана лаборатория экологии растений (заведующая лабораторией – В.В. Меркер), основной задачей которой стало формирование фондовых коллекций Ботанического сада. С 2000 г. силами лаборатории экологии растений начато создание коллекции растений закрытого грунта, в открытом грунте незначительные посадки древесных растений были сделаны в 2002 и 2003 гг. на территории внутреннего дворика учебного корпуса №1.
В 2001-2002 гг. сотрудниками лаборатории составлен проектный каталог древесных растений (рукопись) для целенаправленного формирования в Ботаническом саду коллекций растений Европы, Урала, Сибири и Дальнего Востока. Кроме работы по созданию живых коллекций, сотрудники лаборатории экологии растений (заведующая и 2 лаборанта) с 2000 г. активно занимались формированием Гербария, накоплением экспозиционного материала для научно-справочных коллекций – ботанического музея и ботанической библиотеки. Для каждого из направлений создавались электронные базы данных.
Согласно Приказу № 63-1от 12.02.2004 г. Ботанический сад выведен из состава исторического факультета и подчинён проректору по научной работе – А.В. Мельникову. Коллекция растений открытого грунта начала формироваться фактически с 2005 г., когда осуществляются наиболее значительные посадки растений. В июне 2005 г. увольняется Л.И. Спиридонов.
В 2005 году выпущен первый «Каталог тропических и субтропических растений коллекции Ботанического сада ЧелГУ» культивируемых в приспособленном помещении факультета экологии в учебном корпусе №5. В настоящее время коллекция оранжерейных растений по-прежнему содержится в помещении факультета экологии, растения размещены на стеллажах с искусственным освещением. С 2005 г. создаётся семенной фонд, который постоянно пополняется.
С февраля 2006 г. директором Ботанического сада становится В.В. Меркер (Приказ №125-4 от 31.01.2006). Одним из сложных вопросов становления Ботанического сада в университете является создание штатной структуры. С сентября 2006 г. в штат Ботанического сада переведены 2 ставки садовников 1 и 2 разрядов из других учебных корпусов (Приказ №148-1 от 29.09.2006). В июле 2006 г. Ученый совет университета утверждает Положение о Ботаническом саде (Протокол №10 от 4.07.2006 г.), согласно которому Ботанический сад является самостоятельным научно-учебным структурным подразделением государственного университета. 4.08.2006 г. Ботанический сад ЧелГУ вступил в Совет Ботанических садов Урала и Поволжья. В сентябре 2006 г. Гербарий Ботанического сада получил международный акроним – Index Herbariorum – CSUH (Herbarium, Botanic Garden, Chelyabinsk State University).
В 2008 г. выпущен первый делектус, в 2010 г. – второй. Согласно международному соглашению по обмену семенами растений DELECTUS SEMINUM осуществляется обмен делектусами и пакетообразцами семян с Ботаническими садами и другими ботаническими учреждениями. Ботанический сад Челябинского университета при обмене растительным материалом соблюдает положения Конвенции о биологическом разнообразии (Рио-де-Жанейро, 1993) и подписывает Договоренность о передаче живого растительного материала. Перечень спор и семян, предлагаемых в обмен ботаническим садом университета, рассылается почти в 100 ботанических учреждений (ботанические сады университетов, арборетумы, парки, частные коллекции) мира.
Следующие ставки появились только в сентябре 2009 г. в результате перевода 2,5 ставок (с факультета экологии и УНЦ изучения проблем природы и человека) и ввода в штатное расписание дополнительных 2-х ставок. В настоящее время в штате Ботанического сада 7,5 ставок за счет бюджетных средств (директор – 1, биолог – 2,5 штатные единицы, садовник – 4 штатные единицы), которые занимают 12 сотрудников.
